Stilling: Evisdom > sykdom >

Hva er Shotgun Sekvensering?

Shotgun sekvensering er en metode for DNA-sekvensering der en lang strekning av DNA er fysisk delt inn i små (ca 2000 base-pair) fragmenter som er klonet, sekvensert, og monteres ved hjelp av computer-analyse. Det ble utviklet og gjort kjent av Craig Venter av Celera Corporation. Venter utviklet teknikken i 1996 mens han arbeidet ved Institutt for Genome Research.

Venter grunnlagt Celera i 1998 med oppdrag sekvensering det menneskelige genom innen tre år. Dette målet ble i direkte konkurranse med de allerede opererer Human Genome Project, et konsortium av universiteter som arbeider sammen for å sekvensen det menneskelige genom ved hjelp av en eldre strategi kalt kart-basert eller BAC-til-BAC sequencing. Denne metoden involverte første bryte genomet til 150 000 basepar stykker kalt BACS, montering av BACS i orden, og deretter sekvensering hver BAC i detalj.

Hele genomet shotgun sekvensering utenom etablering og kartlegging av BACS og starter rett inn med DNA-sekvensering. Prosessen starter med å skaffe en prøve av høy molekylvekt DNA fra organismen av renter og fysisk bryte den opp i små biter seg forbi den gjennom et smalspor sprøyte eller sonicating det, en måte å bryte utvalget ved hjelp av lydbølger. Klipping er en tilfeldig prosess, slik at sekvenser av fragmentene vil ha en viss overlapping mellom dem. Shearing ikke spesielt opprette 2000 basepar fragmenter nødvendig for sekvensering, snarere fragmenter av ønsket størrelse må bli renset fra blandingen.

Det neste trinnet er å delta i DNA-fragmenter med carrier DNA kalles en vektor. Denne prosessen er kjent som kloning, og det skaper en sekvensering biblioteket fra hvor sekvensen av en hel genom vil opprettet. Sekvensen av hver klone i biblioteket er bestemt, og datamaskinen analyse er brukt for å finne overlappende, eller kontinuerlig sekvenser i hver fragment. Montering av overlapper skaper en "contig", som er en lang sammenhengende strekning av DNA sekvens.

Shotgun kloning vil vanligvis resultere i noen mellomrom mellom contigs fordi noen sekvenser mangler fra biblioteket ved en tilfeldighet. Hullene kan fylles ved å lage et nytt bibliotek eller ved å bruke kjente sekvenser å forlenge utover fra contig. Fordi shotgun sekvensering sekvenser DNA-fragmenter på måfå, er mange fragmenter sekvensert mer enn en gang, å skape større sikkerhet for at sekvensen er korrekt enn om hver bit bare hadde blitt sekvensert én eller to ganger.

menneskelige genom ble sekvensert både av Human Genome Project bruker kart-basert sequencing og ved Celera bruke shotgun sekvensering. Shotgun sekvensering er nå den foretrukne metoden for andre typer genomsekvensering. Den fullstendige arvestoffet til mange organismer, slik som planten Arabidopsis thaliana , ris, kua, hund, kylling, sjimpanse, rotte, mus, pufferfish, og mange mikroorganismer har blitt sekvensert denne måten.

----------------------------------
Forholde Artikkelen:
----------------------------------